Modyfikacje posttranslacyjne (PTM) to modyfikacje białek, jakie zachodzą po procesie translacji. Modyfikacje te mogą wpłynąć na funkcjonowanie białka, jego aktywność, stabilność, właściwości fizykochemiczne. Do modyfikacji posttranslacyjnych zaliczamy między innymi hydroksylację, ubikwitynację, glikozylację, acetylację, metylację czy fosforylację. W pliku phosphoELM.txt znajdują się informacje na temat fosforylacji grupy białek. Każdy wiersz pliku phosphoELM2.txt dotyczy jednej fosforylacji.

Podobnie jak w zadaniu ChIP-seq i czynniki transkrypcyjne, będziemy sprawdzać gdzie do DNA przyczepiony był czynnik transkrypcyjny. Tym razem jednak zamiast gotowego pliku z policzonymi miejscami, z których pochodziły fragmenty z sekwenatora, dysponujemy samymi odczytami.

Zasada komplentarności dotyczy łączenia się zasad azotowych, które występują w kwasach nukleinowych (np. DNA). Adenina łączy się podwójnym wiązaniem wodorowym z tyminą, a cytozyna potrójnym wiązaniem wodorowym z guaniną. W związku z tym stosunek A:T i G:C w cząsteczce DNA wynosi 1, a mając jedną nić DNA możemy odtworzyć drugą. Proces ten zachodzi podczas replikacji.

Twoim zadaniem jest wczytać sekwencję DNA zawartą w pliku sekw.txt i jako rozwiązanie podać nić komplementarną.

Napisz program, który znajdzie najczęściej występujący 'wyraz' czteroliterowy w sekwencji nukleotydowej podwójnej nici DNA

Pomóż Laborantowi Zbigniewowi i policz na ile grup zostaną posegregowane fragmenty DNA.

Napisz program, który znajdzie najczęściej występujący 'wyraz' czteroliterowy w pojedynczej nici aminokwasów.

Napisz program, który policzy na ile fragmentów zostanie podzielona sekwencja, jeśli specyficzna sekwencja rozpoznawalna przez enzym restrykcyjny to: GRYC (według kodu IUPAC)

CBC (complete blood count), czyli morfologia krwi, to badanie polegające na ilościowym i jakościowym pomiarze składników krwi.

Istnieje wiele metod poznawania sekwencji DNA (czyli sekwencjonowania DNA). Niestety, żadna z nich nie jest doskonała i żadna nie daje gotowego outputu w postaci sekwencji. Często outputem jest cały zbiór krótkich sekwencji, który następnie należy przetworzyć celem uzyskania jednej spójnej sekwencji. W załączonym pliku znajdziesz zbiór sekwencji 3-nukleotydowych, pochodzących z jednej sekwencji. Wiemy, że znajdują się w nim wszystkie możliwe fragmenty 3-nukleotydowe z oryginalnej nici, więc można odtworzyć jej sekwencję, znajdując fragmenty, które nachodzą na siebie.

Bardzo istotną rolę u wszystkich organizmów pełnią białka -  przenoszą substancje, przekazują sygnały, regulują wiele procesów, tworzą szkielet komórek etc. Wiele procesów wymaga tego, by zaszła jakaś interakcja między dwoma białkami. Można narysować interakcje białkowe za pomocą grafu: białka są wierzchołkami grafu; dwa białka są połączone, jeśli zaobserwowano między nimi interakcję. Analizowanie takich sieci wymaga częstego sięgania do matematyki, a konkretnie do teorii grafów.

Im bliżej organizmy są ze sobą spokrewnione tym bardziej podobne są u nich sekwencje odpowiadających sobie genów i białek. Sprawdzenie, na ile dwie sekwencje są do siebie podobne jest więc dosyć istotnym i wbrew pozorom nieprostym zagadnieniem.
 

Rozważmy zmodyfikowane zadanie Ramię robota Rob1. Tym razem mamy do czynienia z robotem Rob2, który ma takie same możliwości ustawienia odcinków swojego ramienia, ale jego ramię składa się z odcinków długości [4,5,7,3,9,12], a ponadto możemy zamieniać kolejność odcinków, czyli składać ramię robota na różne sposoby.

Palindrom to wyrażenie brzmiące tak samo czytane od lewej do prawej i od prawej do lewej, np. "Może jutro ta dama da tortu jeżom".

Napisz program, który wczyta tekst z pliku palindormy.txt i policzy ile wierszy to palindromy.

Ludzie podejmują decyzje na podstawie oceny sytuacji, dzięki temu są w stanie dostosować się i osiągać zamierzony cel.

Programy też mogą działać na podobnej zasadzie, w tym zadniu się o tym przekonasz.

Podczas swojej pracy, programiści muszą łączyć pętle, instrukcje warunkowe, wyrażenia arytmetyczne, operacje na plikach i inne mechanizmy języków programowania w jednym programie. To zadanie podsumowuje poznane dotąd umiejętności.

Często, gdy prowadzimy obliczenia na liczbach (zawsze w przypadku liczb niewymiernych) mamy do czynienia z zaokrągleniami. Proste kalkulatory wyświetlają zaledwie kilka(naście) pierwszych cyfr. Dobry programista powinien umieć poradzić sobie z tą barierą.

Zmodyfikujemy zadanie Model Isinga - tym razem model jest dwuwymiarowy. Twoim zadaniem jest znalezienie konfiguracji o jak najniższej energii.

Gęstością grafu nazywamy stosunek liczby krawędzi do największej możliwej liczby krawędzi. Gęstość można policzyć ze wzoru: \(d = \frac{2m}{n(n-1)}\), gdzie m to liczba krawędzi, a n liczba wierzchołków grafu. Dla grafu pełnego gęstość wynosi 1, a dla grafu bez krawędzi 0. Policz gęstość grafu dla grafu, który opisuje sieć interakcji białek z zadania INTERAKCJE BIAŁEK. Wynik podaj z dokładnością do 6 miejsc po przecinku.

Sito Eratostenesa jest algorytmem, który umożliwia wyznaczanie liczb pierwszych z zadanego przedziału [2,n]. Algorytm działa w następujący sposób:

-wybieramy najmniejszą liczbę z przedziału i wykreślamy jej wielokrotności (czyli wykreślamy wielokrotności 2: 4,6,8 itd)

-wybieramy najmniejszą niewykreśloną liczbę i wykreślamy jej wielokrotności. Powtarzamy ten krok do momentu, gdy liczba, której wielokrotność wykreślamy, będzie większa niż  \(\sqrt{n}\)

Zadanie "Trójkąty w przestrzeni trójwymiarowej" to dla Ciebie przeszłość? Czas na finalne zadanie z tej serii!

Jeśli zadanie "Odległości między punktami na płaszczyźnie" jest już za Tobą, spróbuj uporać się z wersją w trzech wymiarach.

Zmodyfikujemy zadanie "Ciąg Fibonacciego jeszcze inaczej". Tym razem wrócimy do prostych zasad rozmnażania się królików, ale do naszej hodowli dostały się zjadające je lisy.

Zmodyfikujemy nieco zadanie Ciąg Fibonacciego. Będziemy symulować hodowlę królików opartą na podobnych zasadach, ale usuniemy nierealne założenie o nieśmiertelności królików.

Twierdzenie Lagrange’a mówi o tym, że każdą naturalną liczbę n można zapisać za pomocą sumy kwadratótw 4 liczb naturalnych: n=x²+y²+z²+t²

Chromatografia cieczowa jest techniką laboratoryjną, służącą do rodzielenia mieszaniny na poszczególne związki chemiczne wchodzące w jej skład. Może mieć zastosowanie w oczyszczaniu próbek, badaniu ich składu, bądź badania czystości. Mieszaninę przepuszcza się przez kolumnę ze złożem. Na skutek oddziaływań międzycząsteczkowych między substancjami, jedne związki chemiczne poruszają się szybciej a inne wolniej, więc opuszczą kolumnę w różnym czasie.