GC-content genu

U niektórych organizmów zachodzi czasem horyzontalny transfer genów (HGT). W dużym uproszczeniu polega on na pobraniu przez organizm, genów obcego pochodzenia i wintegrowaniu ich do własnego genomu (więcej informacji TUTAJ).

Jeśli dana sekwencja ma GC-content* mocno odbiegający od GC-contentu całego genomu, daje nam to podstawy do przypuszczeń, że pochodzi od innego organizmu (ponieważ GC-content genomu "dawcy" jest inny niż ten "biorcy").

W podanym pliku #fasta zapisane są sekwencje genów pewnej bakterii, której GC-content dla całego genomu wynosi 40%. Nie są to przypadkowe geny - podejrzewamy, że są efektem HGT. Przyjmijmy, że jeśli sekwencja ma GC-content na poziomie 60% lub wyższym - pochodzi z innego organizmu.

W odpowiedzi podaj listę genów (a właściwie ich ID z opisu sekwencji w pliku) obcego pochodzenia, uszeregowaną rosnąco, np.
[1,5,11,24,77]

*GC-content (procentowa zawartość guaniny i cytozyny w sekwencji nukleotydowej) obliczamy podstawiając do wzoru ilości nukleotydów w danej sekwencji:
${G+C \over A+T+G+C}$

#Bakterie #Dna